Tras el paso del Huracán Agatha, se ha declarado a Huatulco en estado de emergencia y desastre.

Además, ocasionó el desbordamiento de ríos en comunidades de alta marginación, daños irreparables en la infraestructura púbica como lo es el puente de la Erradura, acceso que conecta a distintas comunidades con la cabecera municipal y que además, es la principal vía de comunicación entre Huatulco y la Ciudad de Oaxaca, también se vieron afectadas carreteras, caminos, escuelas, tuberías de agua y la pérdida del patrimonio de cientos de familias Huatulqueñas, desde hectáreas de cultivo, ganado y vivienda.
Entre las zonas con mayor desastre se encuentra la agencia de Bajos de Coyula, con más de 500 viviendas afectadas, la comunidad de la Erradura con 60, la comunidad de Copalita perteneciente a Huatulco con 60, la comunidad de Cerro Chino con 10 y la agencia de Xúchitl con 5 viviendas afectadas.
Dicha situación, ha generado que el Gobierno Municipal que encabeza el licenciado José Hernández Cárdenas, declarara al municipio en estado de emergencia y desastre, movilizando a más de 30 elementos que integran el equipo de protección Civil, brigadas, contingentes y demás voluntarios, de igual manera se le hizo el llamado a las autoridades estatales y federales para brindar el apoyo necesario a las y los afectados.
Por consiguiente, Protección Civil del estado informó que las autoridades federales declararon emergencia extraordinaria para seis municipios de la Costa de Oaxaca, tras el impacto del fenómeno hidrometeorológico: Santa María Colotepec, Santo Domingo de Morelos, San Pedro Pochutla, Santa María Huatulco, San Miguel del Puerto y San Pedro Huamelula.
Como Gobierno, se ha comenzado con labores de liberación de caminos, desazolve, limpieza de casas, retiro de árboles que han caído sobre algunas viviendas o que obstruyen el paso, así mismo el Sistema DIF Municipal que encabeza la lic. Fabiola Fabián, ha puesto en marcha la recolección de víveres y suministros de primera necesidad, e instalación de albergues y cocinas comunitarias para las personas damnificadas.